臭豆腐是一種發酵製品，把原本無味的豆腐自然發酵，台灣傳統的浸泡液是把莧菜較老的部份，浸泡在洗米水中，放在常溫下發酵六個月，產生那特殊的氣味。但隨著地區、食用方法的不同，製作方法及成品也有相當大的差異。新竹食品科學研究所培養出數種可以製造臭豆腐的菌種，可縮短培養臭滷水發酵期為一個月，並將臭滷水發酵菌組技術轉移給民間。

臭豆腐乾
至於供「油炸臭豆腐」使用的臭豆腐，手續則沒有青方複雜。為了求大量生產方便，一般而言都是以新鮮豆腐短暫浸泡「臭滷水」，讓臭滷水中的細菌、真菌分解豆腐中的蛋白質，進而使豆腐的組織鬆弛，並且散發出臭味，然後就可以油炸。有些廠商為了求快，甚至不待分解程序完成，只要臭滷水的臭味入味後，隨即出貨，也因此，油炸臭豆腐的口味和油炸普通豆腐的口味相似。

臭滷水
自然發酵的臭滷水是在水缸中放入稻草、豬肉等肉類，然後任由其露天自然發酵、腐敗，經過幾個月後，就可以放入豆腐，不過這種方法非常不衛生，而且都會長蛆。
現在有許多廠商使用發酵菌接種的方式，直接培養臭滷水，不但發酵的時間短，而且安全衛生，可以大量生產。
亦有以純植物為基礎，天然發酵而成的滷水，是以刺桐葉、野莧菜、竹筍、菜心、冬瓜、薑、花椒等數十種蔬菜或植物，加些許的鹽加以醃製，讓它在自然環境的室溫中，經長期靜置八個月以上，自然發酵而成。